El Instituto para su funcionamiento y la realización oportuna de sus actividades cuenta con:
Dirección General
Dentro de sus facultades desarrolla la planeación, dirección y vigilancia de los procesos de evaluación e innovación que se realicen en el Estado cuidando que estos procesos se realicen con calidad en cumplimiento a los criterios y procedimientos formales que se establezcan en la reglamentación correspondiente.
Dirección de Evaluación
Tiene dentro de sus responsabilidades la de diseñar y construir un Sistema Estatal de Información, considerando las características socioculturales de las diferentes regiones del Estado, así como la de establecer el Sistema Estatal de Evaluación, promoviendo y participando en el diseño de metodologías para la evaluación.
Dirección de Calidad e Innovación
La calidad y la innovación constituyen las bases en las que se fundamenta la calidad de los procesos educativos y difícilmente se podrá transitar por esta vía manteniendo formas tradicionales de trabajo, de ahí esta dirección promoverá la investigación y la innovación sobre áreas identificadas a partir del análisis de resultados de la evaluación diseñando modelos educativos innovadores que contribuyan a elevar la calidad de la educación en nuestro Estado.

